Za pripremu su potrebna kefirna zrnca, kozje, kravlje ili ovčje mleko, najbolje sveže, punomasno (može se koristiti i kokosovo ili sojino mleko), tegla, gaza, drvene ili plastične kašičice i plastična cediljka. Obavezno je koristiti staklenu teglu, nikako metalnu ili plastičnu posudu jer kiselina rastvara hemikalije iz metala i plastike, pa one prilikom konzumiranja dospevaju i u organizam. Većina autora ne preporučuje metalne kašičice i cediljke, dok neki tvrde da to ne šteti zrncima. 
Ukoliko ste kefirna zrnca dobili, recimo, poštom ili su stajala u zamrzivaču, najbolje je dovesti ih do ’radne temperature’ tako što ćete ih staviti u staklenu teglu, preliti s malo mleka, poklopiti i ostaviti da odstoje na sobnoj temperaturi 24 sata. Posle toga procediti, prvi dobijeni kefir baciti i ponoviti postupak par puta.
Sveža, aktivna zrnca odmah su spremna za pripremu. Količina zrnaca varira u zavisnosti od preporuke i ukusa raznih autora – recimo da je potrebna jedna supena kašika za 5 dl mleka. Prvo sipati mleko u teglu, dodati zrnca, pokriti gazom (ili papirom za filter kafu) učvrstiti gumicom i ostaviti 24 sata (ukoliko želite jači ukus, može i duže, leti, zbog temperature, nešto kraće) da odstoji na sobnoj temperaturi. Kada se zgusne i dobije svoj prepoznatljiv kiselkasti miris pažljivo se procedi, stavlja u, naravno staklenu, teglu ili flašu i odlaže u frižider. Zrnca se vraćaju nazad u novu turu mleka i proces se ponavlja. I ovde su postoje različite preporuke – neki tvrde da posle proceđivanja zrnca treba oprati vodom, a drugi da to ne treba raditi jer se tako spira kefiran iz zrnaca, što ih oslabljuje.
Dijabetičarima i ljudima koji ne podnose laktozu preporučuje se tzv. sekundarna fermentacija. Već pripremljen kefir ostaviti da odstoji na sobnoj temperaturi još 48 sati, što dovodi do produžene fermentacije pri čemu mikroorganizmi nastavljaju da prerađuju preostalu laktozu u mlečnu kiselinu i ugljen-dioksid. Dok traje ovaj proces, kefir bi obavezno trebalo promešati jednom dnevno da se ne bi uhvatila plesan. Ovako ’doteran’ kefir imaće do 2% alkohola i biti veoma bogat folnom kiselinom i vitaminima B1,B6 i B9.
Kefirna zrnca se brzo razmnožavaju, već posle nekoliko dana vidi se da ih je sve više, i uskoro se događa da zrnaca ima više nego što je potrebno za dnevnu proizvodnju. Višak je najbolje odvojiti, sačuvati i podeliti prijateljima i poznanicima. Moguće je  čak i slati ih poštom, poštujući odreženu proceduru pakovanja. Iako zrna kefira mogu da traju gotovo večno, može im se desiti da im preterana vrućina smeta ili da zbog nemarnog rukovanja jednostavno uginu. U tom slučaju najbolje je imati zamrznutu rezervnu količinu koja u zamrzivaču može da stoji do tri, a po nekima i do šest meseci.
Kupovni kefir se naravno može koristiti, ali je zbog načina pripreme u kom se koristi hmelj i  posebno odabrane kulture bakterija dobijate dobru imitaciju koja samo delimično poseduje dobra svojstva pravog, domaćeg kefira.
Ukoliko imate želje i volje od kefira se može napraviti i sir.Već pripremljen kefir se zamrzne, smesti u nekoliko slojeva gaze, okači iznad (da, staklene) posude u koju se cedi surutka, ostavi tako nekih 12 – 24 sata i dobije se sir od kefira. Surutka je takođe veoma lekovita, pa je ne treba bacati.
Ako niste u mogućnosti da nabavite kefirna zrnca ili želite da ih podelite drugima, možete na fejsbuku ponaći grupu za njihovu razmenu.
Uživajte u svom kućno pripremljenom kefiru, jer kao što reče jedan od internet mudraca: Sve što vam treba je ljubav, a malo kefira povremeno ne može da šteti.